奧爾法獸事件過後，隨著時間流逝，御臺場地區也漸漸復興著。“回到日本之後，我就決定一定要去大大的澡堂泡澡！”因為美美這句話，加上為了歡迎新加入的夥伴芽心和緬因貓獸，大家前往附近的溫泉主題公園。雖然度過了一段開心的時光，但是這兒並沒有阿丈的身影。面對高考臨近的事實，他在高考和“被選召的孩子們”的使命之間產生了煩惱。“為什麼又必須是我們去面對啊？”這個時候，在御臺場再度出現了感染的數碼寶貝、這是擁有著高傲靈魂的奧加獸。而看著電視中奧加獸的暴走，美美和巴魯獸決定出擊。“必須要讓人們知道，也有好的數碼寶貝！”然而，美美和巴魯獸無視光子郎而參與的戰鬥，卻造成了意想不到的結果。各自懷揣煩惱的阿丈與美美。在月島綜合高中文化祭當天，一個男人出現在了他們面前。如今，冒險再度進化……