繁華時尚的忍者島，樂高小人們過著快樂無憂的日子，除了……隔三差五會遭到邪惡魔頭加滿都（賈斯汀·塞洛克斯 Justin Theroux 配音）的入侵騷擾外。當然，幸虧有英勇無畏的幻影忍者，他們一次次挺身而出，與魔王大戰，才使得忍者島免於被邪惡統治的危險。綠色忍者勞埃德（戴夫·弗蘭科 Dave Franco 飾）是加滿都的親生兒子，不知道他忍者身份的市民們因此經常嘲笑辱罵勞埃德。鬱悶的青年只得將一腔怒火撒在以破壞為樂趣的加滿都身上。在又一次遭到挫敗後，加滿都帶著威力更強大的軍團捲土重來。關鍵時刻，勞埃德啟動了吳大師（成龍 配音）禁止使用的終極武器，最終給忍者島帶來毀滅性的災難。為了拯救忍者島，幻影忍者們跋山涉水，甚至與加滿都展開了合作……