故事發生在戰國時代，出生於三流貧窮忍者之家的少年亂太郎（加藤清史郎飾），肩負著父母的期望進入了一流忍者學校——忍術學園——學習。該學園最早由天才忍者大川平次渦正（平幹二朗飾）創立，如今他雖年事已高，卻仍然武功高超，而且搞怪不斷。他更帶領忍者學園與死對頭稗田八方齋（松方弘樹飾）展開了連番激鬥。忍術學園的學生們被稱為“忍者之蛋”（簡稱“忍蛋”），亂太郎被編入一年葉組（一年は組），在此他結識了富商之子新兵衛（木村風太飾）和父母雙雙陣亡的霧丸（林遼威飾），三個小傢伙結成了情深意篤的三人組，從此開始了他們充滿補習、重考和各種失敗的快樂學校生活。\r　某一天，四年葉組出身於理髮世家的齊藤鷹丸（溝口琢矢飾）和父親齊藤幸隆（鹿賀丈史飾）在家中遭到刺客萬壽鳥（竹中直人飾）、土壽鳥（石垣佑磨飾）的襲擊。原來，齊藤父子曾是八方齋麾下毒竹忍者隊的成員，雖然早已脫離了這個邪惡的組織，但是忍者隊還是緊追不捨，誓要取齊藤父子的性命。在這危急關頭，園長和八方齋約定了一場對決，只要忍術學園能夠衝入毒竹山敲響打鳴寺的大鐘，忍者隊就徹底放棄齊藤父子。正所謂初生牛犢不怕虎，一年級的小忍蛋們，在高年級生的支持下決定挑戰這個困難而危險的對決。一方是初入學園的新生，一方是擁有豐富實戰經驗的專業忍者，亂太郎他們能否取得最後的勝利呢？