《庚子風雲》講述的是公元1900年及中國曆庚子年，八國聯軍攻佔北京，並佔領紫禁城，皇太后慈禧為避禍攜光緒帝、大阿哥等人倉惶逃離皇宮，來到西安，最後又安全回宮的故事。慈禧太后臨行前，由於政治立場不同的仇恨，將光緒皇帝深愛的妃子珍妃推入井中殺害。而當太后歷盡千難萬險來到古都西安時，卻發現當地戲班的花魁白牡丹竟和珍妃長得一模一樣！而這位本名斯琴的白牡丹卻與在慈禧太后等人逃難至西安這條西行路上，給予了他們莫大幫助的一位從歐洲留洋五年回國的愛國青年陳然有著夙世姻緣，同時她也和陝西巡撫韓雨軒同樣有著千絲萬縷的關係。